Jak wyjaśnia Barnard, Skull and Bones będzie miało tylko pewne elementy gier z typową narracją i fabułą. W grze będziemy spotykać ważnych NPC-ów, będziemy też mogli poznawać ich historie, ale przede wszystkim będą nam oni zlecać kontrakty. Świat gry jest budowany na pewnej opowieści, ale nie to jest głównym obiektem zainteresowania twórców. To gracze mają tworzyć swoje historie i sami wybierać, jakim typem piratów chcą być.
W grze zaimplementowano zupełnie nowy dla gier Ubisoftu system progresu, nazwany Infamy. Bazuje on na tym, że gracze otrzymują dostęp do schematów, a na ich podstawie będzie można tworzyć nowe typy statków, uzbrojenia oraz opancerzenia. Będą one niezbędne do eksploracji świata i skutecznej walki z przeciwnikami. Co do rozgrywki zaś, bazuje ona oczywiście w głównej mierze na pływaniu statkami, ale gracze będą mogli odkrywać też strażnice rozlokowane na mapie. Będą one mogły kryć skarby, ale też przeciwników, należących do różnych frakcji - tak więc na stałym lądzie również będzie co robić.
Autorzy gry podjęli odważną decyzję o tym, że Skull and Bones nie będzie dostępne na konsolach starej generacji. Decyzję tę Barnard umotywował - bez wchodzenia w szczegóły - cyklem wydawniczym i planowanym (w domyśle: bardzo długim) wsparciem, jakie mają w planach. Oryginalnie gra była planowana z myślą między innymi o starych Xboxach oraz PS4, ale było to jeszcze w 2017 roku, w momencie ujawnienia pierwszych informacji o grze. W międzyczasie tytuł dopadły dwa opóźnienia, w końcu zdecydowano o wypuszczeniu jej gdzieś w okolicach tego lub przyszłego roku - finalnie padła data 8 listopada 2022.
