Główną bohaterką gry jest Lilli, nieśmiała uczennica przyklasztornej szkoły, która ucieka przed wymaganiami surowej przełożonej w świat fantazji. Dodatkowo zły doktor Marcel przeprowadza eksperymenty psychiatryczne na dzieciach, między innymi na Lilli, której zadaniem będzie pokonanie psychicznych pułapek, stawienie czoła swym strachom i, przede wszystkim, pomoc swojej najlepszej przyjaciółce Ednie (bohaterce Edna & Harvey: The Breakout).
Gra Harvey’s New Eyes przepełniona jest czarnym humorem, absurdalnymi sytuacjami i inteligentnymi zagadkami. Tytuł to idealna rozrywka dla fanów humorystycznych gier typu point’n’click jak Monkey Island. Zwariowane postaci i miejsca akcji są ręcznie rysowane, komiksowy styl podkreśla dodatkowo ich wyjątkowość.
