Gracz może zaatakować każdego napotkanego na swojej drodze przeciwnika i NPC-a, choć oczywiście w przypadku tych drugich zbyt agresywna postawa wobec nich skończy się "desynchronizacją". Nie dotyczy to jednak zwierząt - na żadnego czworonoga nie można podnieść ręki. Możemy je jedynie głaskać lub rysować. Nigdy nie zaatakuje nas żadna niebezpieczna bestia, jak wilk czy niedźwiedź. W Assassin's Creed Shadows nie spotkamy też sytuacji, w której jakieś drapieżne zwierzę napada na inne.
W rozmowie z serwisem Kotaku, reżyser kreatywny z firmy Ubisoft, Jonathan Dumont, wyjaśnił, jakie powody stały za takim podejściem. Przede wszystkim, jest to aspekt historyczny - w feudalnej Japonii tak naprawdę nie było zbyt wielu dużych i agresywnych zwierząt, które mogłyby stanowić zagrożenie dla gracza. Gdy twórcy przeglądali listę dostępnych zwierząt, bardziej kojarzyły im się one z możliwością głaskania i obserwacji niż walki. Poza tym, autorom zależało na wprowadzeniu do gry atmosfery względnego spokoju, niemalże "zen". Momenty ciszy i kontemplacji na łonie natury miały być balansem dla pełnej emocji podróży Naoe i Yasuke.
Potem pojawił się jeszcze pomysł na wprowadzenie zwierząt do kryjówki gracza, którą niektórzy rozwinęli do poziomu mini-zoo. Z początku twórcy myśleli jedynie o kolekcjonowaniu obrazów, ale gdy pojawił się pomysł wprowadzenia do świata gry zwierząt, stało się oczywistym, że powinny one również zamieszkiwać kryjówkę gracza. Natomiast zapytany o to, czy kiedyś do serii wrócą polowania, Dumont odpowiedział, że wszystko zależy od konkretnego świata, w jakim będzie się toczyła rozgrywka.